Als Quelle für beide Werke liegen eine Partitur, ein vollständiger Stimmensatz für eine Gambensonate und zwei Stimmensätze für eine Flötensonate vor.
Die Partitur dürfte von Molter selbst geschrieben sein, sie enthält viele Korrekturen und stellt wohl die Urform aller Varianten dar. Der Titel am Partiturumschlag lautet:
Concertino per Dessus Viole, Violino, Violetta e Violoncello di Molter
Die Flötensonate trägt auf den Stimmen den Titel: Sonata a 4
Die Einzelstimmen stammen augenscheinlich aus der Hand verschiedener Kopisten, wobei nicht ausgeschlossen sein soll, dass Molter auch selbst einige geschrieben haben könnte.
Diese Stimmen sind in Reinschrift verfasst, in einigen befinden sich Hinweise für eine Aufführung. Die Gambensolostimme enthält Fingersätze, die mit den Zeichen i, 2, 3, 4 eingetragen sind; die Violinstimme der Flötensonate dynamische Anweisungen, die hier auf alle Stimmen sinngemäß angewendet werden.
Viele hervorzuhebende Abweichungen zwischen den Varianten findet man in den Solostimmen von Diskantgambe und Flöte. Die Flöte spielt beim Tutti stets mit, die Gambe pausiert dort. Die Anzahl der Takte im 1. und 3. Satz ist in beiden Varianten gleich, während sich im 2. Satz eine Abweichung dadurch ergibt, dass in der Flötensonate beide Wiederholungen wegfallen und daher die Übergangstakte fehlen. In der handschriftlichen Partitur wurden diese Wiederholungen für die Gambensonate erst später eingefügt und die Übergangstakte am Schluss des Satzes notiert.
Welche Variante nun die Urform des Werkes darstellt, ist jedenfalls anhand der vorliegenden Partitur gar nicht so leicht zu entscheiden. Das Deckblatt der Partitur mit Angabe der Instrumentierung weist auf die Gambensonate als Urform hin, die fehlenden Wiederholungen eher auf eine zuerst beabsichtigte Flötensonate. Als zusätzlicher Anhaltspunkt ist in der Partitur in den Takten 103 bis 106 des 1. Satzes die von der Gambe stark abweichende Flötenstimmenversion notiert und nicht etwa die Gambenversion.
Es deutet also einiges daraufhin, dass aus der Urform nach Abschrift der Stimmen zuerst die Flötenversion, dann die Gambenversion entstand. Bemerkenswert sind die Abweichungen der beiden Violastimmen in beiden Varianten.
Im Stimmensatz der Gambensonate befindet sich je eine Stimme: Violino di rinforzo und Basso di rinforzo. Sie spielen bei Fortestellen mit und erinnern an die Tuttipraxis beim italienischen Concerto grosso. Diese Stimmen fehlen bei der Flötensonate. Dafür gibt es dort die oben erwähnten dynamischen Anweisungen.
Die Cembalostimme wurde in dieser Ausgabe ergänzt, sie ergibt sich aus dem harmonischen Gerüst der Sätze.
Die Einsätze von Violine und Basso di rinforzo sind im Notentext markiert, ebenso deren Pausen durch die Angabe "solo".
Die Besetzung für die beiden Versionen ist also:
MWV IX/6 La Dessus Viole, Violine, Viola, Violoncello, Cembalo, Violine di rinforzo, Basso di rinforzo.
MWV IX/14 Flöte, Violine, Viola, Violoncello, Cembalo.
Der 1. Satz ist in beiden Varianten für Violine, Viola und Violoncello gleich.
Für den 2. und 3. Satz spielen diese Instrumente jeweils die angegebene Version IX/6 bzw. XI/14, da die Abweichungen der Varianten im Notentext doch sehr vielfältig sind.
